OKUPACJA I LATA POWOJENNE
1939 – pogotowie znów musiało podporządkować się mobilizacji i wojennym regułom, ale jednocześnie nie przerwało pracy na rzecz mieszkańców. Na początku września część ambulansów wysłano na wschód, a część przejęta została przez Wermacht. Pozostały jedynie dwie karetki, które mogły funkcjonować tylko dzięki zorganizowanej przez krakowian zrzutce paliwa. Do transportu pacjentów posłużył dodatkowo autobus, przekazany przez Dyrekcję Tramwajów. 6 października, w trakcie Sonderaktion Krakau, do obozu koncentracyjnego wywieziony został dr Jerzy Drozdowski, kierownik stacji.
Sytuacja finansowa stacji była dramatyczna, m.in. dlatego, że Towarzystwo nie zostało zarejestrowane u władz Generalnego Gubernatorstwa, nie mogło więc liczyć na oficjalne dofinansowanie. Pieniądze uzyskano ze zbiórki wśród mieszkańców, a lekarze dyżurowali bezpłatnie. Paliwo było reglamentowane. W nocy ambulanse nie mogły wyjeżdżać ze względu na godzinę policyjną.
Pogotowie było dobrą przykrywką dla działań konspiracyjnych. Dla przykładu, 17 września 1944 roku Niemcy zezwolili na wyjazd ambulansu z Krakowa do Warszawy, otoczonej wtedy ścisłym kordonem z powodu toczącego się powstania. Ambulans oficjalnie miał stanowić tzw. „zwiad sanitarny” – Niemcy zgodzili się, aby lekarze sprawdzili, czy ludność uciekająca ze stolicy nie stanowi zagrożenia sanitarnego. W rzeczywistości jednak wieziono w nim pomoc dla stolicy: środki opatrunkowe, leki, narzędzia chirurgiczne oraz 150 tys. złotych.
Krakowskie pogotowie koniec wojny przywitało bez pieniędzy (musiały zostać zdeponowane u okupanta i nie udało się ich odzyskać), z jedynie trzema starymi, zniszczonymi ambulansami oraz siedzibą zdemolowaną przez wycofujących się Niemców. Mimo tego, pracowało nieprzerwanie, a w czerwcu 1945 roku, jak zawsze, odbyło się walne zebranie Towarzystwa.
W roku 1946 pogotowie otrzymało w darze z UNRRY sanitarkę marki Dodge oraz kupiło dwa inne używane ambulanse. Rok później Ministerstwo Zdrowia kupiło nowego Forda, a Rada Polonii Amerykańskiej przekazała 300 ręczników oraz trzy skrzynie leków. Rok 1949 to koniec pewnej epoki, którą w dziejach polskiego ratownictwa medycznego można by nazwać romantyczną.
Krakowskie Ochotnicze Towarzystwo Ratunkowe przestało istnieć, a władze centralne nakazały przekazanie wszystkich jego zasobów Polskiemu Czerwonemu Krzyżowi, który tworzył, na zlecenie Ministerstwa Zdrowia, centralny system pomocy doraźnej na terenie całego kraju. Plan 6-letni zakładał uruchomienie do roku 1955 co najmniej jednej stacji pogotowia ratunkowego w każdym powiecie, wyposażonej według standardów obowiązujących w całym kraju.